বুয়েটের সাথে ভারত ও হিন্দুত্ববাদীদের বিরোধের অনেক কারণ আছে-
১) বুয়েট তৈরী হয়েছে পাকিস্তান আমলে, পাকিস্তান সরকার সেটা করছে। তাই সৃষ্টিগতভাবে বুয়েট একটি ভারতবিরোধী সংগঠন।
২) বুয়েটের সাথে ঢাকেশ্বরী মন্দিরের মামলা চলতেছে। বুয়েট বলে ঢাকেশ্বরী মন্দির আমার যায়গা দখল করছে, আর ঢাকেশ্বরী মন্দির বলে পুরোটা বুয়েটই মন্দিরের যায়গায় বানানো হইছে। বুয়েট যেন তাদের যায়গা ছেড়ে অন্যত্র চলে যায়।
৩) ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে তৈরী হওয়ার সময় পশ্চিমবঙ্গের হিন্দুত্ববাদীরা যেভাবে বাধা দিছিলো, বুয়েট হওয়ার সময় সেটা দিতে পারে নাই। বুয়েট থেকে যে মেধাবী ছাত্ররা বের হয়, তাদেরকে ভারত নিজের মেধাবীদের তুলনায় থ্রেট মনে করে। যেমন ২০১৬ সালের বুয়েটের সিভিল ইঞ্জিনিয়ার সামিটের উদাহরণ দেই, তখন কিভাবে গরুর মাংশের অজুহাত দিয়ে সেই প্রোগ্রাম বন্ধ করে দিয়েছিলো হিন্দুত্ববাদীরা, অথচ ঐ অনুষ্ঠানটি হলে বাংলাদেশের স্বার্থে এবং ভারতীয় স্বার্থের বিরুদ্ধে কাজ হতো। তাই গ্যাঞ্জাম লাগায় যত বুয়েট বন্ধ রাখা যায়, তত ভারতের লাভ।
৪) ২০১২ সালে মুক্তমনা ব্লগে কিছু হিন্দুর ক্ষোভ দেখেছিলাম বুয়েটের বিরুদ্ধে। তাদের অভিযোগ ছিলো- বুয়েটের ছাত্রতা তুলনামূলক ইসলাম ধর্ম চর্চা বেশি করে। এছাড়া বুয়েটে কিছু হিন্দু শিক্ষক ধর্ম ত্যাগ করে ইসলাম গ্রহণ করায় তারা ক্ষেপে থাকে।
৫) বুয়েটে কোন কোন হলে, হলের পক্ষ থেকে নিয়মিত গরুর মাংশের ফেস্টিভাল হয়, উগ্রহিন্দুত্ববাদীরা এর ঘোর বিরোধী, এবং বিভিন্ন সিস্টেমে তা বন্ধ করতে চায়।
